Unatoč dugoj tradiciji uzgoja i svojim iznimnim karakteristikama, pasmina je vrlo mala i danas se prema klasifikaciji FAO organizacije (Food and Agriculture Organisation of United Nations) smatra ugroženom. Imajući na umu ovo znanstvenici s Fakulteta agrobiotehničkih znanosti Osijek i Sveučilišta u Bologni te uzgajivači Hrvatskog ovčara zajedničkim su snagama uz potporu Zaklade Adris započeli projekt očuvanja pasmine, pri čemu je po prvi puta pasmina Hrvatskog ovčara genomski analizirana uporabom naprednih tehnika sekvenciranja. Dobiveni rezultati poslužili su za izradu genetske baze, razvoj uzgojnog programa i strategija revitalizacije, istovremeno znanstveno potvrdivši povijesno podrijetlo i autentično hrvatsko porijeklo pasmine.